琴（法米克·詹森 Famke Janssen 饰）的死亡始终影响着X战警，斯科特与金刚狼罗根（休·杰克曼 Hugh Jackman 饰）也因此陷入失落。此时，学院的教学工作由风暴女（哈莉·贝瑞 Halle Berry 饰）和金刚狼等人共同承担，为异种人提供一个能够被接纳、获得身份认同的地方。与此同时，某公司从一名异种人儿童的基因中提取出一种可以还原X基因的“解药”，服用后能让异种人的身体变得与普通人无异。解药的出现在异种人群体中引发巨大震动，万磁王（伊安·麦克莱恩 Ian McKellen 饰）四处联络那些不愿改变自身变异体质的异种人，企图以暴力反抗人类社会长期以来的不公平对待。金刚狼等人随后发现，琴并没有真正死去，而被唤醒的第二重人格拥有近乎无法控制的强大力量。X教授（帕特里克·斯图尔特 Patrick Stewart 饰）和万磁王分别试图争取琴，她也因此成为左右异种人世界命运的关键人物。
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