谁能想到，七十年前那场神秘的罗斯威尔事件，直到今天依然对全人类产生着深远影响，而真相的全貌始终鲜有人知。某天，过着颓废生活的前联邦探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰），与他最信任的搭档、目前在某某教会医院担任医师的丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）再次重逢。一档致力于揭露政治黑幕的节目主持人找到两人，希望他们揭开政客借助外星人控制人类的内幕。随着这次委托展开，尘封已久的X档案重新开启。曾对种种离奇事件逐渐失去信念的穆德，在斯科莉的陪伴下再次踏上调查之路。伴随他们深入追查，层层掩藏的真相，以及人类即将面临的可怕未来，也逐步浮出水面。
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