《金枝欲孽粤语》的故事发生在清朝。新一批秀女由各地选送进京参加选秀，其中有湖广总督之女侯佳玉莹（黎姿 饰），也有出身上三旗的尔淳（佘诗曼 饰）等名门闺秀。途中，负责押送秀女的官车遭山贼袭击，官兵悉数被杀，秀女们也眼看就要落入贼人之手。此时，押运贡品香芒进京的孔武（陈豪 饰）与陈爽恰好经过，及时出手救下众人。之后，他们一路躲避追杀、历尽艰险，终于将秀女们平安护送到京城。
逃亡期间，侯佳玉莹与尔淳结为金兰姐妹，然而表面亲密的两人实际上各怀心事。尔淳和她的两位姊妹更将玉莹视为最大的对手，处处设法排挤，使她备受刁难。玉莹看似身处下风、楚楚可怜，实则心思通透，也暗藏自己的手段。为了在后宫立足，两人都费尽心思争取皇上的宠爱；与此同时，尔淳还极力掩饰着隐藏在身后的秘密。没想到太医孙白杨（林保怡 饰）的出现，令玉莹与尔淳原本的计划都节外生枝，后宫争斗也由此变得更加步步惊心。
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