《战国妖狐千魔混沌篇》的故事发生在战国时代。世间存在着形形色色的魑魅魍魉与异形妖怪，它们被统称为“暗”。喜爱人类的暗·妖狐小玉，与憎恶人类的仙道·迅火是一对姊弟，两人一同踏上扫荡罪恶、拯救世人的旅程。与此同时，专门对付“暗”的僧侣组织断怪众，正以极其不人道的方式进行人体改造，并因此与迅火等人爆发激烈冲突。人类之中固然有恶人，非人类的存在也未必全都邪恶。由于过去的经历，迅火始终对人类深恶痛绝，但随着旅途展开，他也逐渐看见了人类善良的一面。面对这些变化，迅火是否能够改变自己的看法？
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