《碧蓝之海 第三季》中，北原伊织来到伊豆开始大学生活已经几个月了。如今的他寄住在潜水店“碧蓝之海”，与可爱的表妹古手川千纱同住。表姐古手川奈奈华、成熟迷人的滨冈梓，以及同班同学吉原爱菜也经常出入这里，表面上看，伊织似乎正享受着平稳又充满青春气息的校园生活。
然而，真实情况却截然不同。他加入的潜水社团“Peek a Boo”虽然以潜水为名，潜水却只是副业，社团成员们平日里经常赤身裸体、喝酒狂欢、胡闹作乐。外表帅气却是重度宅男的今村耕平，也和伊织一样，早已彻底融入这群人的混乱日常。
就在此时，古手川奈奈华拜托伊织前去帮忙。潜水店“海豚”即将在帕劳开设分店，却面临严重的人手不足。可伊织想到今村耕平曾说过，因为无法实时追番，所以不愿意出国。这个夏天，伊织一行人首次踏上海外之旅，前往帕劳，全新的碧蓝爆笑生活就此拉开序幕。
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