美女捕吏女牢秘档续美女奉行2讲述了南町奉行所小捕快主水介奉命追查一连串棘手命案。接连遇害的死者身份各不相同，唯一的共同点是都被细长利刃一刀刺中心脏而亡。就在调查陷入僵局之际，辖区内再次发生命案，药行老板備前屋遭一名身穿龙胆花和服的女子从背后刺杀。南町同心森川軍兵衛赶到药行查案，并在女主人阿涼的卧室中发现一件龙胆花和服，于是将满脸错愕的阿涼收监。
得知姐姐被捕后，阿涼的妹妹阿園赶来向森川求情，却被拒之门外。走投无路的阿園只好拜托好友小霞出手相助。为了替阿涼洗清嫌疑，小霞化名阿竜再次潜入女牢，凭借古灵精怪的小公主般的机敏，开始揭开这桩连环命案背后的真相。
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