《战国妖狐救世姐弟篇》的故事发生在战国时代。世间各种魑魅魍魉与异形妖怪等非人灵力生物，统称为“暗”。喜爱人类的暗——妖狐玉，与厌恶人类的仙道——迅火结成“救世姐弟”组合，踏上扫荡罪恶、拯救世人的旅途。途中，他们遇见了武士兵头真介，也因此卷入与断怪众的激烈冲突。
断怪众是一群专门对付“暗”的僧侣。为了消灭会伤害人类的暗“障怪”，他们甚至以不人道的方式进行人体改造。随着双方矛盾不断升级，迅火等人不得不与断怪众正面交锋。人类之中既有作恶之人，非人类的存在也未必全都邪恶。因过往经历而极度厌恶人类的迅火，在旅途中逐渐看见了人性善良的一面，他最终是否会因此改变？
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