《我的老爸是卧底》讲述了八路军老侦察员史耕田寻找失散多年儿子的故事。得知儿子下落后，他原本打算借护送任务前往石啸江的团里与儿子相见，却临时接到紧急命令，必须潜入日军内部，查清神秘人的身份及其行动计划。史耕田化身厨子进入日军营地，却意外发现，曾与他一同从日军包围中逃出的饭馆老板老秋，正是神秘人秋山静。
潜伏期间，史耕田凭借机智和勇敢多次挫败敌人的阴谋，为八路军获取重要情报。与此同时，史来风被石啸江接入队伍，父子二人在一次次行动中擦肩而过，却始终不知道彼此的真实身份。史来风甚至误以为史耕田是汉奸，两人因此屡屡针锋相对。经过周旋和调查，史耕田终于揭开神秘人的身份，并查明日军K计划的真正内容是建立金矿。根据他提供的情报，八路军克服重重困难，找到了炸毁矿藏的方法。经历了误会与纠葛的父子最终相认，并在绝境之战中携手合作，成功粉碎了敌人的K计划。
