《我的武林男友》讲述了一段跨越古今的传奇爱情故事，颇有现代版《寻秦记》的意味，但剧情重点主要放在现代社会。故事发生在一千年前，武林奇才少年米仓遭到心术不正的师叔陆宏开追杀。逃亡途中，米仓意外跌入时光隧道，来到2004年；而陆宏开也紧随其后，闯入了2002年的世界。两个来自古代的男人在现代相遇，并同时爱上了性格可爱、直率开朗的女孩cary，一段奇妙的古今恋情由此展开。
米仓幼年时曾经历家破人亡。原来，陆宏开为了夺取米仓父母收藏的本门秘籍，不惜走上邪路，血洗米家。危急关头，米仓父亲的大师兄左无嗔及时赶到，救走了尚在襁褓中的米仓，并保住了那本秘笈。陆宏开逃离前却意外发现，米仓和自己一样拥有“金命”，具备称霸武林的潜质。
左无嗔将米仓收为弟子，而他的独生女儿阿细从小被当作男孩装扮，跟随父亲闯荡江湖，也因此成为米仓的师弟。多年过去，米仓和阿细都已长成英俊少年，但左无嗔始终没有告诉米仓他的真实身世，以及上一代之间的恩怨。直到左无嗔察觉自己大限将至，才把一切真相告知米仓。偏偏就在此时，潜伏已久的陆宏开突然闯入。危急之际，米仓和阿细按照师父穷尽一生推算出的线索，在满月之夜循着蜡烛熄灭的方向前行，最终真的遇上了百年难逢的星雨，时空缺口也随之骤然出现。
