《不能说的秘密》讲述了网站经营人、85后创业者曾凡的故事。事业有成、生活富裕的他，原本与妻子感情恩爱，却在五年前交往过的前女友突然带着一个男孩上门认父后，平静的生活被彻底打乱。
就在曾凡被这个突如其来的“私生子”逼得几近崩溃时，前女友向他揭开了真相。原来，两人分手后，她曾遭到强奸并因此怀孕。由于缺乏证据，罪犯很可能逃脱法律制裁，为了将其送进牢房，她选择生下孩子。如今身患绝症的她找不到值得托付孩子的人，只能把男孩交给曾凡，才得以安心。
真相大白后，曾凡却无法向任何人说明孩子的身世，只能独自守住这个秘密，直到男孩成年。此后，他先后遭遇小舅子与合伙人勾结售假，导致网站被查封、创业失败；家庭中，妻子以哭闹甚至轻生相逼，母亲也苦苦催促他给家里添一个孙子。婚姻、亲情、友情和事业接连陷入危机。最终，曾凡凭借真诚化解重重矛盾，重新找回幸福。
