朱元璋（鲍国安饰）晚年时，太子朱标体弱多病。为了给太子冲喜，他将开国元勋徐达的次女徐妙云（俞飞鸿饰）许配给朱标。谁知新婚之夜朱标便撒手人寰，徐妙云刚刚成为太子妃，转眼便成了寡妇。朱元璋的第四子燕王朱棣（申军谊饰）是徐妙云的姐夫，兼具文韬武略，朱元璋有意将他立为皇储，却遭到群臣反对，最终只得册立皇孙朱允炆（高虎饰）。朱棣与朱允炆都暗自倾慕徐妙云，而她始终情系朱棣。
朱元璋驾崩后，朱允炆登基称帝，并对分封各地、手握重兵的二十五位皇叔展开削藩。燕王朱棣起兵反抗，历经三年多的“靖难之役”，从北平一路攻打南京，最终兵临京城。建文帝朱允炆与徐妙云从皇宫鬼门逃出，朱棣则登上皇位，并在此后多年追杀建文帝。京城被围前后，徐妙云与朱棣、朱允炆这两位大明天子阴差阳错地分别发生了一夜情事。半个多月后，她在陪建文帝逃难途中发现自己已经怀孕，却因无法确定孩子究竟属于哪位天子而陷入百口莫辩的境地。爱恨情仇交织之下，三人展开了一场关乎生死的纠葛。
最终，身怀六甲的徐妙云跳入长江，以滚滚江涛结束生命，再也无法面对两个深爱自己的大明天子。朱允炆万念俱灰，削发为僧，开始四处流浪。朱棣即位后终身不再册立皇后，并将都城从南京迁往北京，营建紫禁城；他一生六次亲征漠北，主持编纂《永乐大典》，派郑和下西洋，留下诸多功绩。朱棣最后一次北征时，在茫茫沙漠中遇见一位游方仙僧，两人久久凝视，最终潸然泪下。此后，朱棣在凯旋途中去世，后人尊称他为永乐大帝。
