公主驾到2019的故事发生在公元1093年。大理国公主段芯瑶的寝殿凤玥阁突然燃起一场无名大火，外出未归的芯瑶侥幸逃过一劫，太子却因拼死护妹葬身火海。皇帝段正明痛失爱子，悲恸之下几近崩溃，并将怒火迁向身边众人，整个大理皇室沉浸在哀痛之中，朝堂上下也陷入前所未有的紧张。
芯瑶的母亲蓉妃推断，大火从凤玥阁开始，若不是意外，真正的目标很可能就是芯瑶。为保护女儿，她命军师高升维和贴身侍女喜儿秘密护送芯瑶离宫，前往中原投奔娘家，并下令在得到允许之前，三人不得返回皇宫。芯瑶虽然极不情愿，却只能踏上这段充满未知的逃亡之路。
芯瑶自幼机灵顽皮，时常女扮男装，变装出宫对她而言并不困难。然而，这次离开皇宫关乎性命安危，原本应当低调进行的行程也因此笼罩着阴影。出宫不到三日，三人便被卷入一桩诡异的米缸杀人案。镇上官府衙役的头领董建豪，同时也是昏庸县官的得力助手，竟突然猝死在自家客栈，尸体身上还散发出异常香气。由于传言称他是因冒犯米缸而遭到诅咒，南村一时间人心惶惶。
作为全村供奉的守护灵，米缸究竟如何杀人于无形？勇敢正直的芯瑶决定替村民查清真相。此时，自称前朝侍卫的侠士史翱翔也主动加入保护公主的队伍。四人由此组成大理探案天团，一路为百姓申冤，接连破解各种诡秘奇案。然而，随着他们逐渐接近目的地，隐藏在旅途背后的更大阴谋与危险也随之步步逼近。
