《鬼物语》的故事承接《倾物语》。结束时间跳跃、回到当代的阿良良木历，在将遗落在自己家中的背包归还给八九寺真宵后，途中遭到神秘怪异「暗（くらやみ）」袭击，危急时刻被斧乃木余切救下。随后，在「叡考塾」的废墟中，忍野忍向历讲述了自己四百年前在日本与第一任眷属相遇，以及当年遭到「暗」追袭的经历。
不久之后，历再次受到「暗」的攻击，并与小忍失去联系。借助神秘人物卧烟伊豆湖的帮助，历终于得知，「暗」是一种专门追杀偏离怪异之道的怪异的非存在，而它真正追踪的目标并不是小忍，而是八九寺真宵。
当年母亲节，真宵曾得到阿良良木历的帮助，得以回到自己的家。此时的她其实已经成佛，却迟迟没有前往那个世界报到，仍旧停留在这座小镇。原本会让人迷路的怪异「迷牛」也不再发挥作用，真宵因此偏离了怪异应有的道路。「暗」正是为吞噬八九寺，以及所有目睹过八九寺的人类而出现。最终，为了保全众人，真宵带着微笑成佛。
