《东瀛游侠》的故事发生在福建海口镇。林同善（于海饰）与陈亚珍都出身于武术世家，却因两家之间的积怨而关系冷淡。一天，侵华倭寇绑架了陈亚珍的孩子小毛头，恰好被来自日本、希望在中国磨炼武艺的年轻武士上地完雄（于荣光饰）撞见。正义感十足的上地完雄出手救下小毛头，却在随后发生的意外中被诬陷为杀人凶手，唯有小毛头知道他的清白。
在南少林寺尚智大师的调解下，林、陈两家最终放下恩怨，重新和好。此时正逢妈祖节，街头处处是游行庆祝的人群，节日气氛热烈祥和。然而，日本人川岛和矢村却暗中策划阴谋，企图盗走妈祖像上价值连城的夜明珠。
