《穿越时空成仙帝，系统迟到八万年》讲述了仙帝赵英雄苦修数千年，却始终困在仙帝境，无法破碎虚空。就在这时，沉寂了八万年的最强修真系统突然激活，而它发布的第一个任务，竟是让赵英雄将八万年前曾欺辱过自己的气运之子张三，狠狠抽打九九八十一下，奖励则是突破境界的关键鸿蒙道韵。
赵英雄回到青云宗后，发现张三如今已成为一名美艳却失去记忆的宗门祖师，青云宗也已日渐衰败，只剩下三名女弟子，还正遭到嗜血门围攻。赵英雄出手覆灭嗜血门，完成系统任务，张三因此晋级金丹，而他也成功获得鸿蒙道韵。
然而，这个系统的坑害远未结束。它发布捕捉活物的任务却不说明规则，还用筑基体验卡让赵英雄暂时跌落到筑基期，进而引来血冥渊和天机老人的追杀。凭借仙帝的智慧，赵英雄一边忽悠弟子，一边设法拖延时间，直到神兽归来、实力恢复，最终反杀天机老人，并收编鸿蒙仙府和天剑圣地，将青云宗一步步打造为青云仙门。
随着鸿蒙道韵不断增加，赵英雄逐渐发现，自己的重生、系统迟到八万年以及青云宗的衰败，背后都牵涉一场持续了八万年的天道棋局。而这场惊天博弈，如今才刚刚开始。
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