《超级天兵之机车班长》讲述宪兵与警方组成专案小组，追捕长期遭到监控的国际毒枭黎文灿（周佳佑饰）及其台湾合伙人跛雄（陈跃虎饰）。行动中双方爆发激烈枪战，却因一线四星警官陈邦兴（陈腾龙饰）与宪兵部队带队官刘庆安（卜学亮饰）沟通不畅，导致围捕计划失败，警官陆典范（吴宗宪饰）、林玉菁（吴辰君饰）等人也险些遭遇不测。
任务结束后，警方高层与宪兵司令部展开检讨，面对犯罪集团日趋国际化、专业化的形势，双方决定仿照宪兵原有编制，集结宪兵部队与警方精英，成立专门打击犯罪的反报特勤队，代号“夜鹰”。特训中心设于某宪兵基地，并由宪兵部队统一训练。开训当天，各路好手齐聚一堂，曾参与上次行动的陈邦兴与刘庆安也名列其中。由于双方对上次任务失败仍心存芥蒂，队员之间不断互相嘲讽，场面一度陷入混乱。就在此时，特训中心中士班长李国骥（张智尧饰）突然现身，并与另一位班长萧鑫典（陈之财饰）凭借出众身手震慑全场，繁重而严格的训练正式展开。
