《阿里巴巴大盗奇兵》的故事发生在15世纪中叶的中央大陆。那里有一个最为富饶的冒险王国，民间流传着王者之心的传说：谁能找到它，谁就有资格成为国王。
公主马尔吉娜天性胆小，从未真正经历过冒险，因此被整个冒险王国称作胆小鬼公主。为了继承王位，她一直努力证明自己，却在国王宣布继承人的舞会上受到质疑。渴望成为国王的马尔吉娜决定用行动证明自己，于是逃离舞会，结识了贫民窟少年阿里巴巴，并与他结成伙伴。两人带着国王交给马尔吉娜的寻宝指南，一同踏入神秘刺激的宝库世界，开启了寻找王者之心的旅程。
与此同时，无恶不作的强盗三人组也进入了宝库。他们收服镜子怪，组成强大的四十大盗帮。强盗老大企图夺得王者之心，建立属于自己的强盗王国，公主和阿里巴巴也因此不断面临难以预料的危险。最终，马尔吉娜和她的小分队闯过宝库世界中的重重考验，阿里巴巴实现了击败强盗的愿望，马尔吉娜则成功得到王者之心，并在冒险与成长中明白了成为国王真正需要的能力。
