《刺客联盟》中，卫斯理（James McAvoy饰）过着乏味而压抑的生活：他每天忍受肥胖上司的唠叨，眼睁睁看着好友背叛自己与女友上床，还得靠药物控制异常过快的心跳。一次意外中，他被神秘女子火狐（Angelina Jolie饰）从疯狂枪手的追杀下救出，也因此踏入了刺客联盟的世界。
联盟领导史隆（Morgan Freeman饰）告诉卫斯理，他那位多年前抛下自己的父亲曾是组织成员，最近已被叛徒十字杀害。为了活下去，甚至为了替父亲报仇，卫斯理必须接受残酷训练，迅速掌握刺客的生存之道。这个组织源自纺织行会，成员依据纺织机解读出的密码确定刺杀目标，以此顺应所谓命运的安排。
凭借出众的天赋，卫斯理很快学会各种暗杀技巧，正式成为联盟的一员，并开始执行组织赋予的任务。随着调查深入，他逐渐锁定十字，复仇目标也变得越来越清晰。最终，史隆派他前往东欧刺杀十字，但任务过程中，卫斯理意外察觉了组织内部隐藏的阴谋。这一次，他决定不再用逃避来面对眼前的一切。
