《亚马尻一家》的故事发生在近未来的日本。政府设立了一片拥有治外法权的特殊地区，专门收容穷凶极恶的罪犯。这里有一所名为“天堂学园”的中学，孤独的少女亚马尻菊之助便是其中的学生。她失去了关于过去的全部记忆，却常常在梦中见到父亲驮卫门、哥哥五卫门和直次郎，以及弟弟吉三，一家人曾经幸福地生活在一起。
天堂学园由校长生首团十郎管理，校园里不良学生横行，暴力事件层出不穷。转校生小雪很快成了众人欺凌的对象，富有正义感的菊之助挺身而出，拼命保护她。就在她与不良学生发生冲突时，一阵剧烈的头痛突然袭来。
无法无天的亚马尻一家一直被政府视为敌人，并在一年前遭遇惨败。政府设立这片特殊地区，正是为了安置他们。为了压制菊之助等人的暴力冲动，他们的脑中被植入电子装置，沦为洗脑超音波研究的活体实验品，而这项研究的主持人，正是团十郎的女儿羽仁井薰子。
随着身世逐渐揭开，菊之助决心寻找家人、与他们团聚。与此同时，亚马尻一家与团十郎一家的激烈对决也正式拉开序幕。
