异形总司令讲述了弗兰克·布雷恩、莱斯利·摩根、卡拉·菲逊和保罗·哈姆顿等人结伴同行的故事。途中他们的车辆突然抛锚，偏偏离子风暴即将来袭，众人必须在风暴降临前找到避难之处。赶路过程中，他们与四处寻找儿子的马奎恩不打不相识，马奎恩随后带着他们进入一处神秘机舱。凭借各自的专长，几人在机舱内找到了食物和水源，并成功接通电源。
然而当晚，弗兰克·布雷恩在机舱中迷路，众人找到他时，他已经血肉模糊。四周不时传来的恐怖怒吼，更让所有人陷入不安。莱斯利·摩根在机舱内发现了一本日记，这才得知这里原来是一座以人类为实验对象的实验室。马奎恩让保罗修复电脑，试图查出被实验者的名单，却没想到保罗也惨遭毒手。随着危险一步步逼近，剩下的人能否逃出机舱，并揭开那个神秘怪物的真实面目？
