《蝙蝠侠：侠影之谜》讲述了布鲁斯·韦恩（克里斯汀·贝尔 Christian Bale 饰）的故事。年幼时，他亲眼目睹父母在高谭市街头遭歹徒枪杀，自此心中充满愤怒。继承父亲留下的亿万家产后，韦恩开始环游世界，试图凭借自己的力量复仇并打击犯罪。
为了深入了解罪犯的心理，他在亚洲亲身体验犯罪生活，最终因此被捕入狱。在狱中，韦恩结识了武艺高强的杜卡，并从对方那里学会了高超的武术以及坚韧的意志。很快，神秘的影忍者盟注意到了他，忍者大师也一再邀请他加入组织。然而，韦恩逐渐发现，影忍者盟对自己的故乡高谭市另有企图，于是毅然返回家乡。
回到韦恩庄园后，他意外发现了一处地下室，并由此获得了全新的身份——蝙蝠侠。自此，蝙蝠侠开始挺身而出，对抗笼罩高谭市的黑暗。
