《进化危机》讲述了一颗陨石坠落在亚利桑那州荒漠后引发的惊人事件。陨石撞击出的溶洞中，一个与世隔绝的奇异生态世界迅速形成，外星生物从单细胞生物开始，不断进化出多细胞生物、类鸟类乃至灵长类，其演化速度远远超出人类想象，并逐渐威胁到人类的生存。
任教于大学的伊尔（David Duchovny 大卫·杜楚尼 饰）与同事兼好友哈里（Orlando Jones 奥兰多·琼斯 饰）最先察觉到陨石带来的外星生物踪迹，也意识到这种异常进化背后隐藏着巨大的危险。在隶属军方疾病控制中心的女官员艾丽森（Julianne Moore 朱丽安·摩尔 饰）协助下，两人暗中收集相关数据，试图找到遏制外星生物入侵的方法。
