在《黑客帝国2：重装上阵》中，尼奥（基奴·李维斯饰）在上一部结尾中弹复活，终于觉醒了自身的力量与肩负的使命，成为近乎无所不能的“救世主”。他与女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝饰）、舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩饰）返回人类基地锡安，并受到人们的热烈欢迎。
然而，“母体”抢先发动攻击，派出两万五千只电子乌贼进攻锡安。与此同时，墨菲斯、尼奥和崔妮蒂再次进入“母体”，试图找到“制钥者”，从内部摧毁这个虚拟世界。原本应该被尼奥消灭的特勤史密斯也出现异常，摆脱了“母体”的控制，并获得了令人恐惧的复制能力，成为阻挠他们行动的巨大威胁。
