《ST 红白的搜查档案》将故事置于国际大都会东京：一起发生在光天化日之下的恶性抢劫案，牵扯出十字路口一场离奇的交通事故。科学搜查班（ST）循着线索调查，最终锁定了幕后始作俑者——天才黑客镝木彻（中山裕介 饰）。
然而，面对众人对镝木的指认，ST领导者赤城左门（藤原龙也 饰）却始终态度暧昧。他将百合根友久（冈田将生 饰）支开后，独自前往镝木的住处。没过多久，镝木便葬身火海，赤城也因被视为重大嫌疑人而遭到同僚逮捕。
青山翔（志田未来 饰）、结城翠（芦名星 饰）、黑崎勇治（漥田正孝 饰）和山吹才藏（三宅弘城 饰）都不相信赤城的认罪供词，决心设法查明事件真相。为了听到赤城的真实想法，百合根甚至故意犯罪进入拘留所，试图与他近距离接触。就在调查逐渐接近关键之际，赤城却越狱踏上逃亡之路……本片改编自今野敏的原作。
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