《修女乔安娜》的故事发生在十七世纪的波兰。书亚（Mieczyslaw Voit 饰）是一位备受尊敬的神父，始终虔诚信奉上帝，也坚定守护着自己的理想。一天，他奉命前往一座修道院任职，那里流传着魔鬼潜入其中、暗中作祟的传闻。
修道院院长乔安（卢茜娜·温尼斯卡 Lucyna Winnicka 饰）是一名神秘而美丽的女子，她身上散发出的独特魅力令许多修女为之倾倒。随着调查深入，书亚逐渐意识到，魔鬼的力量远比想象中强大，单凭自己根本无法控制局面，于是决定向一位老法师求助。然而在面对乔安和魔鬼的诱惑时，书亚最终也未能坚守信念。为了帮助乔安，他甚至走上了杀人的道路，犯下无法挽回的罪孽。
