《大药坊粤语》讲述民国初年，百年老店尚春堂大药坊在佛山声名远播，医术精湛的名医杜参（杜燕歌 饰）掌管药坊，深受各地百姓敬重。杜参膝下无子，唯一的女儿杜佳期（钟嘉欣 饰）自幼跟随父亲研习药理，不仅聪慧过人，更怀有救死扶伤的仁心。
佳期即将嫁给佛山市长的长子庄继祖（黄浩然 饰），这段门当户对的婚事成为城中美谈。婚期将近，佳期却不顾婚前禁忌，和继祖一同前往贫民窟金玉里，阻止贫民用鼠入药。期间，她结识了外表市侩、以倒卖为生的丁一元（陈展鹏 饰）。一元偶然发现佳期被盗的新婚项链，并设法替她找了回来。
继祖回家后突然感到不适，原来他和大批市民都感染了春瘟。为了不耽误婚期，杜参冒险研制药力猛烈的九九正气丸，并免费派发给百姓，以帮助他们对抗疫病。相处之下，佳期逐渐发现看似放荡不羁的一元其实重情重义，渐渐对他产生敬意。
然而就在新婚前一天，继祖病发身亡。庄敦儒痛失爱子，悲愤难平，不但查封尚春堂，还将杜参关进牢中。庄敦儒次子……
