《九州缥缈录动画版》以虚构的“九州”世界为背景，讲述一群少年在磨难与挑战中不断成长的故事。北陆青阳部世子吕归尘作为质子来到东陆，结识了不受父亲宠爱的庶子姬野，以及随爷爷前来避难的羽族公主羽然。三个性格与身世各异的少年进入太子学院后，因身份问题屡遭针对和考验，却在彼此扶持、相互拯救的过程中建立了深厚情谊。羽然开朗活泼、洒脱不羁的性格，也让吕归尘和姬野在不知不觉间心生倾慕，一段青涩的爱情悄然萌芽。
与此同时，离国霸主赢无翳挟天子以令诸侯，天下局势愈发紧张。吕归尘、姬野和羽然追随一代忠将息衍等人，组成正义之师，奔赴殇阳关决战。然而，殇阳关之战背后隐藏着更大的阴谋。面对突如其来的危局，少年们奋死抗争，在血与火的洗礼中逐渐褪去青涩，最终成长为一代领袖。
