在宇宙中的熊猫星球，太空熊猫为了守护家园，与来自黑暗宇宙的天狼鼠展开激战。战斗引发宇宙大爆炸，太空熊猫随着爆炸产生的能量漩涡意外来到地球，并在那里结识了小泰、小尚，以及来自六福星球的基因宝贝啾啾马、哞哞牛、咩咩羊、咯咯鸡、汪汪狗和哼哼猪。大家相处融洽，经历了许多搞怪又有趣的时光。
宇宙大爆炸后，天狼鼠化作一块能量陨石，跟随太空熊猫来到六福星球。后来，他与黑精鼠合体，变成力量大增的基因怪兽，并将太空熊猫分解成五个分身。为了拯救太空熊猫，众人携手穿越时空，跨越金、木、水、火、土五个空间，与黑精鼠及五大鼠王展开决战。最终，大家成功取得胜利，太空熊猫也与基因宝贝们告别，返回熊猫星球。
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