《神秘的大佛》的故事发生在解放前。旅居新加坡的司徒骏（张顺胜饰）收到香客安康的来信，对方约他到乐山商谈其父留下的信息。司徒骏随即匆忙回国，途中遇见担任警长的老同学翁剑鸣，并得知当地一直流传着乐山大佛附近藏有佛财的传闻，已有多人因此丧命。
司徒骏的到来很快引起各方关注。当地势力人物沙舵爷（葛存壮饰）派人强行请他前去，沙家的教师梦婕（刘晓庆饰）则在暗中跟踪，而翁剑鸣也对他的真实来意充满疑问。为了查明安康的下落，司徒骏四处打听，却屡遭歹人袭击，幸亏有神秘人暗中出手相助。
最终，司徒骏见到了安康的真面目，才发现对方竟是自己的亲叔叔海能法师。原来，当年司徒骏的父亲为了维修乐山大佛筹集钱财，引起特务注意，最终与好友一同死在特务和沙舵爷手中。如今，司徒骏若想替大佛取回佛财，所要面对的危险比当年更加凶险。
