《药屋少女的呢喃》讲述了一个位于大陆中央的大国，皇帝妃嫔居住的后宫里，少女猫猫的故事。她曾在花街担任药师，如今却成了后宫的一员。某天，猫猫听说皇帝的孩子向来命短，而现今的两位皇子也因病日渐虚弱。出于对药物与病因的兴趣，她开始暗中调查其中缘由，并不相信这只是所谓的诅咒。
美貌的宦官壬氏安排猫猫担任皇帝宠妃的试毒者。虽然猫猫对人情世故毫无兴趣，却对毒药与药物有着近乎执着的热爱。这个在花街长大的药师，就这样被卷入后宫接连不断的流言与事件之中。看似美丽的后宫犹如带刺的蔷薇，女人们的花园里处处暗藏毒意，阴谋与传闻也从未停歇。面对壬氏不断交给她的麻烦差事，猫猫依旧一一处理。这个难得一见的爱毒少女，今天也在后宫中忙碌奔走。
